Si necesitas gestionar(borrar) o localizar archivos duplicados puedes usar algunas de las herramientas que cito a continuación, todas ellas son gratuitas.
Fslint
Se trata de una herramienta muy intuitiva, sencilla y gratuita. Solo disponible en Linux.
http://www.pixelbeat.org/fslint/
Fdupes
Herramienta por linea de comandos, tiene un conjunto reducido de operaciones pero suficiente si necesitamos comparar directorios o borrar de forma automática ficheros duplicados. Solo disponible en Linux.
http://premium.caribe.net/~adrian2/fdupes.html
DupeGuru
Herramienta sencilla pero potente, con distintas variantes según el tipo de fichero que estamos analizando y disponible tanto en Linux como en Windows.